Das Masterstudium ist auf die fachliche und projektorientierte Vertiefung ausgerichtet. Diese fachliche Vertiefung wird mit Hilfe von Projektarbeiten, ergänzenden Veranstaltungen und der Masterarbeit an einer so genannten Master Research Unit (MRU) durchgeführt. Stark an die anwendungsorientierte Forschung und Entwicklung der Fachhochschulen gekoppelt, verfügen die MRU über eine ausgezeichnete Infrastruktur.  In folgenden MRUs ist die fachliche Vertiefung an der HSR möglich:

• Environmental Engineering
• Innovation in Products, Processes and Materials
• Public Planning
• Sensor, Actuator and Communication Systems
• Software and Systems

Die Dozierenden der MRUs verfügen über einen starken Bezug zur wissenschaftlichen Forschung. Eine MRU umfasst einen fachlichen Kompetenzbereich, der maximal vier Forschungsschwerpunkte beinhaltet und damit ein klares fachliches Profil aufweist. Die Projekte, die an der MRU durchgeführt werden, zeichnen sich durch ein hohes fachliches Niveau aus und verfügen über kurz- oder mittelfristiges Vermarktungspotenzial. Zur Ergänzung der Projekt- und Masterarbeiten werden Seminare innerhalb der MRU durchgeführt.