Neben Bund, Kantonen und Gemeinden gehören der Schweizerische Nationalfonds (SNF) sowie die Förderagentur für Innovation (KTI) zu den wichtigsten Institutionen im Bereich der öffentlichen Forschungsfinanzierung.
An der HSR können sowohl KTI-Projekte als auch SNF-Projekte durchgeführt werden.

• Schweizer Nationalfonds (SNF)
  Der Schweizerische Nationalfonds (SNF) ist die wichtigste Schweizer Institution zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung. Er fördert im Auftrag des Bundes alle Disziplinen, von Philosophie über Biologie bis zu Nanowissenschaften und Medizin.
  www.snf.ch
  
  
• Förderagentur für Innovation (KTI)
  Die KTI ist die Förderagentur für Innovation des Bundes. Sie fördert seit über 60 Jahren den Wissens- und Technologietransfer zwischen Unternehmen und Hochschulen. Sie verknüpft Partner aus beiden Bereichen in Projekten angewandter Forschung und Entwicklung und unterstützt den Aufbau von Start-ups.
  www.bbt.admin.ch/kti