Die Studiengebühren für den MSE betragen 700 CHF pro Semester. Hinzu kommen variierende Kosten für Lernmaterialien sowie Unterhalt.

Für die Finanzierung des Masterstudiums gibt es mehrere Varianten:

Es besteht die Möglichkeit, das Studium mit einer Anstellung an einem Institut zu finanzieren. Das Studium ist dann in Teilzeit zu absolvieren und verlängert sich dementsprechend. Bedingung für diese Variante ist, dass die Projekte des Institutsangestellten klar abgegrenzt sind von denen, die er als Studierender bearbeitet. Diese Institutsarbeitsplätze sind begrenzt, weswegen um rechtzeitige Bewerbung bei dem jeweiligen Instituts- oder MRU-Leiter gebeten wird.

Die Bank Linth gewährt den Studierenden der HSR in Ergänzung zu den kantonalen Stipendien und Darlehen einen Ausbildungskredit.

Es besteht die Möglichkeit, ein Stipendium zu beantragen. Da der Master-Studiengang ein Teil der Erstausbildung ist, ist er in der Regel stipendienberechtigt. Neben staatlichen Trägern wie der kantonalen Stipendiendienststelle gibt es auch Stiftungen und private Fonds, bei denen ein Antrag auf Studienhilfe gestellt werden kann.